該公司污水生化二期項目是南化公司污水入龍項目的重點工程，該項目在原有綜合污水處理裝置基礎上進行了大規模擴容。新線主要由預處理單元、生化處理（A/O）單元以及污泥處理單元組成，工藝上采用了管式微孔曝氣處理技術，在原有一期主要處理有機化工廢水的基礎上進一步處理合成氨部合成氨（含9萬噸/年制氫）廢水、研究院催化劑廢水、硝酸部尾鎂廢水等。日處理廢水量從原先的8000立方米提升至15600立方米，將實現處理量和處理深度的雙提升。

該項目自2012年9月啟動，2013年6月底項目中交。10月底，該項目打通了全部流程，將實現公司范圍內的全部有機和無機廢水的集中收集與綜合處理，確保生產廢水的達標排放。