戰略院內設：總體研究所、科技創新理論研究所、科技與經濟社會發展研究所、區域科技發展研究所、前沿科學與先進技術發展研究所、科技治理與人才研究所、技術預測與統計分析研究所、國際科技關系研究所、科技發展智能決策研究所等9個研究所；綜合管理與監督辦公室、黨委與人力資源辦公室、智庫建設與科研管理辦公室3個管理部門；主辦《中國科技論壇》《科技中國》兩個雜志；設有博士后科研工作站，具備招收資格；委托管理中國科學技術院所聯誼會、中國科學技術指標研究會2個全國性社團組織；擁有聯合國教科文組織首個關注科技創新政策的二類中心“聯合國教科文組織國際科學和技術戰略研究與培訓中心”（CISTRAT）；搭建了“中美科技創新智庫對話會”“一帶一路’科技創新智庫合作網絡”＂中日韓科技政策研討會“和”中德創新政策平臺”等眾多國際合作平臺。

戰略院始終堅持黨對科技事業的全面領導，面向國家發展需求，開拓求實，為國家科技創新戰略、規劃和政策制定發揮了重要支撐作用。面向未來，戰略院將以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，深入學習貫徹習近平總書記關于科技創新的重要論述，胸懷家國、開思咨政、守正創新、同德行遠，努力打造成高質量服務于黨和國家科技創新重大決策的專業化、國際化高端智庫。